Πράσινο φως για την εκτέλεση έργων αποκατάστασης και ανάδειξης του Ναού της Παρηγορήτισσας δόθηκε από το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο με την έγκριση των μελετών που εκπονήθηκαν στο πλαίσιο της Προγραμματικής Σύμβασης Πολιτισμικής Ανάπτυξης μεταξύ του ΥΠΠΟ και της Περιφέρειας Ηπείρου.
Η αρχιτεκτονική μελέτη αφορά στη βελτίωση του μνημείου όσον αφορά στην αρχική φέρουσα ικανότητά του. Συνοπτικά, στο ισόγειο, προβλέπεται να καθαιρεθούν τα επιχρίσματα που παραμένουν στο εσωτερικό του περιστώου. Το δάπεδο αποκαθίσταται στην ίδια μορφή, μετά τις απαιτούμενες στατικές παρεμβάσεις. Καθαιρείται η μεταλλική σκάλα πρόσβασης στον όροφο και κατασκευάζεται νέα στην ίδια θέση. Στον κυρίως Ναό, στις εξωτερικές επιφάνειες, προβλέπεται σημειακά η αποκατάσταση των φθαρμένων και ευτελών αρμολογημάτων, ώστε να μην παραμορφώνονται τα δομικά στοιχεία του μνημείου. Εσωτερικά προβλέπονται τοπικές ενισχύσεις κιονόκρανων και κιόνων που έχουν αστοχήσει. Από τις στέγες καθαιρούνται οι επικαλύψεις με κεραμίδια των πέντε τρούλων και των κεραιών της σταυρικής κάλυψης, όπως και του βάθρου του τυμπάνου του κεντρικού τρούλου.
Στον περιβάλλοντα χώρο προβλέπεται να κατασκευαστεί περιμετρικά «πεζοδρόμιο» για την προστασία της βάσης του μνημείου από τα όμβρια. Θα αποχωματωθεί και αναδειχθεί ο παλαιότερος, καταχωμένος σήμερα ναός καθώς και η είσοδος της υπόγειας στοάς, στην ίδια θέση. Θα στερεωθούν οι τοίχοι της στοάς και θα διευθετηθεί το υπάρχον μονοπάτι πρόσβασης από τη βορειοανατολική είσοδο του αρχαιολογικού χώρου, σύμφωνα με τα σχέδια, ώστε να γίνει ασφαλές για την πρόσβαση των ΑμεΑ. Η στατική μελέτη περιλαμβάνει επεμβάσεις σε σημεία αστοχιών, με τοπικές ενισχύσεις, στις στάθμες θεμελίωσης, ισογείου, υπερώου, στέγης, οροφής και στον κυρίως ναό.
Η ηλεκτρομηχανολογική μελέτη περιλαμβάνει την ηλεκτρολογική μελέτη εγκατάστασης δικτύου φωτισμού (λειτουργικού, ασφαλείας και ανάδειξης), τη μελέτη των συστημάτων ασφαλείας (συναγερμός, δίκτυο κλειστού κυκλώματος τηλεόρασης), μελέτη ύδρευσης (σχεδίαση υδροδοτικού δικτύου), και τη μελέτη μέτρων ενεργητικής προστασίας (πυρασφάλεια με πρόβλεψη προληπτικών μέτρων, μέσα πυρόσβεσης σε περίπτωση πυρκαγιάς).
Πιθανότατα, ο Ναός της Παρηγορήτισσας κατασκευάστηκε ως καθολικό μεγάλης Μονής. Σώζονται μια σειρά μονώροφων κελιών, τα οποία μπορούν να χρονολογηθούν σχεδόν συγχρόνως με το καθολικό. Επίσης, σώζεται και μέρος της αρχικής Τράπεζας της Μονής, που αναστηλώθηκε στη σημερινή του μορφή, κατά τις εργασίες του Ορλάνδου, μαζί με τα κελιά και το καθολικό, τη δεκαετία του 1960.
Ο κυρίως ναός είναι ιδιόρρυθμης και μοναδικής τυπολογίας, καθώς στην κατώτερη στάθμη παρουσιάζει τη διάταξη των οκταγωνικών ναών και των σταυροειδών εγγεγραμμένων στον όροφο. Ο ναός στεγάζεται στο κέντρο, με έναν μεγάλο δωδεκάπλευρο τρούλο και τέσσερις μικρότερους οκτάπλευρους, στις γωνίες της στέγης. Ο κυρίως ναός έχει τετράγωνη κάτοψη και πυργοειδή μορφή. Καταλήγει ανατολικά σε τρεις τρίπλευρες αψίδες, από τις οποίες η μεσαία είναι ψηλότερη και φθάνει έως το ύψος της στέγης.
Η είσοδος στον ναό γίνεται από τη δυτική πλευρά, όπου μια ημικυκλική σκάλα οδηγεί στον νάρθηκα. Ο γλυπτός διάκοσμος του μνημείου παρουσιάζει πολυμορφία και πρωτοτυπία, κυρίως, λόγω των τόξων των καμαρών που στηρίζουν τον τρούλο. Ο ναός είχε αρχικά μαρμάρινο τέμπλο, που καταστράφηκε κατά τη διάρκεια της τουρκοκρατίας. Έφερε, επίσης, ψηφιδωτά που διακοσμούσαν τον τρούλο. Τα ψηφιδωτά χρονολογούνται στα τέλη του 13ου αιώνα. Στο ιερό και στους τοίχους του ισογείου του κυρίως ναού υπάρχουν τοιχογραφίες, οι οποίες έγιναν σε διαφορετικές εποχές, μετά την καταστροφή της ορθομαρμάρωσης που διακοσμούσε αρχικά τον ναό.
Οι τοίχοι του κυρίως ναού είναι σήμερα αγιογραφημένοι με τοιχογραφίες που έγιναν σε δύο επάλληλα στρώματα. Από τις τοιχογραφίες του πρώτου στρώματος, που πιθανώς έγιναν την ίδια εποχή με αυτές του ιερού, διακρίνονται ελάχιστα ίχνη. Καλύτερα σώζονται οι τοιχογραφίες του δεύτερου και νεότερου στρώματος που διακοσμούν τους τοίχους του ισογείου. Οι τοιχογραφίες του κυρίως ναού δεν είναι χρονολογημένες. Οι τοιχογραφίες του δεύτερου στρώματος χρονολογούνται στο β’ μισό του 17ου αιώνα.
Στο τέμπλο, οι τοιχογραφίες του παλαιότερου στρώματος πρέπει να είναι σύγχρονες με την εικονογράφηση του ιερού τον 16ο αιώνα. Στο δεύτερο στρώμα ανήκουν οι τοιχογραφίες των ολόσωμων αγίων που παρουσιάζουν αρκετές ομοιότητες με τις τοιχογραφίες του κυρίως ναού.
